Het vinden van de biochemische naald in de metabolomische hooiberg!
MetAlign is een krachtig computerprogramma voor de analyse, ‘alignment’ en vergelijking van massa-spectrometrische datasets.
MetAlign™ is ontwikkeld voor het onderscheiden en filteren van statistisch significante verschillen tussen vooraf gedefinieerde klassen van ‘full scan’ LC of GC massa-spectrometrische datasets. Als zodanig vindt metAlign™ breed toepassing op gebieden als metabolomica, farmaceutica (‘lead and target’ identificatie), gewasbeschermingsmiddelen (‘lead’ identificatie, analyse werkingsspectrum), biologische wetenschappen (biochemische profilering, veredeling), voedselprocessing (kwaliteitscontrole, substantiële equivalentie) en GM-productanalyse (substantiële equivalentie).
Eigenschappen
Het programma doorloopt de volgende algoritmen:
- ‘data smoothing’ gebruikt een digitaal filter gerelateerd aan gemiddelde piekbreedte,
- locale ‘noise calculation’ als functie van retentietijd en ionensporen,
- ‘baseline correction’ van alle ionensporen en introductie van een drempelwaarde om ruisreductie te bereiken,
- ‘scaling’ en berekening en opslag van ‘peak maximum amplitudes’,
- ‘between-chromatogram alignment’, gebruikmakend van hoge signaal/ruispieken die alle chromatogrammen gemeenschappelijk hebben,
- iteratieve ‘fine alignment’ door toevoeging van een toenemend aantal massapieken met een lagere signaal/ruisverhouding
- ‘significant difference filtering’ op door de gebruiker bepaalde significantie-drempelwaarden en minimale x-voud ratio’s.
- CSV output van ‘aligned’ data compatibel met de meeste multivariatie-programma’s
Potentiële gebruikers
Iedereen die ‘full-scan’ GC-MS of ‘full-scan’ LC-MS uitvoert en die baseline-correcties en differentiële spectrale vergelijkingen wil uitvoeren. Vooral in het geval van LC-MS-pieken, die ‘onzichtbaar’ zijn in de ‘total-ion current’ kunnen zichtbaar worden gemaakt na de metAlign achtergrond-eliminatie.
Wetenschappers die zich bezighouden met metabolomica en metabonomica, maar ook met gebieden als authenticiteit, productveiligheidscontrole, substantiële equivalentie, en de ontdekking van farmaceutische en pesticide metabolieten zullen het ‘alignment-instrumentarium’ in metAlign zeer weten te waarderen.
Ondersteuning
Zonodig wordt ondersteuning verleend bij het operationaliseren van de software en bij het oplossen van problemen waarvoor de handleiding geen oplossing biedt.
>> Meer informatie op www.metalign.wur.nl (Engels)