Plant Research International ontwikkelt en gebruikt moleculaire merkertechnologie voor een hele reeks doeleinden, inclusief merkergestuurde veredeling, bepaling genetische diversiteit, bestudering van genetische biodiversiteit en bestudering van populatiedifferentiatie en ecologische processen zoals verspreiding. Speciale attentie aandacht wordt besteed aan de toepassing van moleculaire merkers in polyploïde soorten, inclusief aardappel en roos.


De ontwikkeling van moleculaire merkers omvat onder andere:

• Microsatelliet-merkers
• DArT
• ‘Motif-directed profiling’ (met name NBS profilering).

[0] = Het achterliggende cijfer verwijst naar het bijbehorende artikel onder aan de pagina.
Microsatelliet-merkers
Microsatellieten zijn ontwikkeld met behulp van een verrijkingsprocedure in een reeks planten- en dierensoorten.
Dianthus caryophyllus (anjer)[9], Fagus sylvatica (beuk)[8], Geum urbanum (gewoon nagelkruid)[10], Lactuca sativa (sla)[14], Lycopersicon esculentum (tomaat), Mycelis muralis (muursla)[11], Plantago coronopus (hertshoorn weegbree)[4], Populus nigra (zwarte populier)[2], Rosa hybrida (snijroos)[7],  Hypochaeris radicata (gewoon biggenkruid)[16], Hyla arborea (boomkikker) [1], Rana arvalis (heikikker), Liporrhopalum tentacularis (een vijgenwesp)[6], Brevicoryne brassicae (melige koolluis), en Plutella xylostella (koolmot).
>> Contact: Dr. M.J.M. Smulders

NBS-profilering
NBS-profilering is een nieuwe methode die wordt gebruikt als probe van functionele diversiteit in en vlak bij ziekteresistentiegenen van het NBS-LRR type. NBS profilering kan worden gebruikt voor het produceren van merkers die nauw gekoppeld zijn met R-genen and R-genen-clusters voor ‘genomic mapping’ en ‘positional cloning’ en voor het zoeken naar nieuwe allelen en nieuwe bronnen van ziekteresistentie in beschikbaar kiemplasma. NBS-profilering is uitgevoerd in verschillende gewassen, zoals aardappel, tomaat, appel, sla, tarwe en roos.
>> Contact: Dr. C.G. van der Linden

Voor de toepassing van moleculaire merkers werden en worden meerdere studies uitgevoerd:

• Gebruik van microsatellieten voor ras-identificatie [15] en het opzetten van databases [3,5] met genetische profielen
• Ontwikkeling van methoden voor de detectie van de allelische samenstelling van  microsatelliet- en SNP-merkers in polyploïden (met name roos [12] en aardappel)
• Analyse van gemeenschappen met gebruikmaking van verwantschapsgenotypering in diploïden en tetraploïden

>> Contact: Dr. B. Vosman

Lees meer:

1. Arens P, W van ’t Westende, R Bugter, MJM Smulders, B Vosman (2000) Microsatellite markers for the European tree frog Hyla arborea. Molecular Ecology 9: 1944-1946
2. Smulders MJM, J van der Schoot, P Arens, B Vosman (2001) Trinucleotide repeat microsatellite markers for Black Poplar (Populus nigra L.). Molecular Ecology Notes 1: 188-190
3. Bredemeijer GMM, Cooke RJ, Ganal MW, Peeters R, Isaac P, Noordijk Y, Rendell S, Jackson J, Röder MS, Wendehake K, Dijcks M, Amelaine M, Wickaert V, Bertrand L, Vosman B (2002) Construction and testing of a microsatellite database containing more than 500 tomato varieties. Theor Appl Genet 105: 1019-1026
4. Koorevaar GN, S Ivanovic, JMM Van Damme, HP Koelewijn, WPC van 't Westende, MJM  Smulders, B Vosman (2002)  Dinucleotide repeat microsatellite markers for buck’s-horn plantain (Plantago coronopus). Molecular Ecology Notes 2, 524-526
5. Röder, M.S., Wendehake, K., Korzun, V., Bredemeijer, G., Laborie, D., Bertrand, L., Isaac, P., Rendell, S., Jackson, J., Cooke, R.J., Vosman, B., Ganal, M.W. (2002) Construction and analysis of a microsatellite-based database of European wheat varieties. Theor Appl Genet 106: 67-73
6. Zavodna M, P. Arens, B. Vosman, P. J. van Dijk, J.M.M. van Damme (2002) Development and characterisation of microsatellite markers for Liporrhopalum tentacularis Grandi, the pollinator fig wasp of Ficus montana Blume. Molecular Ecology Notes 2, 569-571
7. Esselink D, Smulders MJM, Vosman B (2003) Identification of cut-rose (Rosa hybrida) and rootstock varieties using robust Sequence Tagged Microsatellite markers. Theor Appl Genet 106: 277-286. DOI 10.1007/s00122-002-1122-y
8. Pastorelli R, MJM Smulders, WPC van ‘t Westende, B Vosman, R Giannini, C Vettori, GG Vendramin (2003) Characterisation of microsatellite markers in Fagus sylvatica L. and Fagus orientalis Lipsky. Molecular Ecology Notes 3: 76-78. DOI 10.1046/j.1471-8286.2003.00355.x
9. Smulders MJM, Y Noordijk, W Rus-Kortekaas, GMM Bredemeijer, B Vosman (2003) Microsatellite genotyping of carnation varieties. Theoretical and Applied Genetics 106: 1191-1195. DOI 10.1007/s00122-002-1166-z
10. Arens P, W Durka, JH Wernke-Lenting, MJM Smulders (2004) Isolation and characterisation of microsatellite loci in Geum urbanum (Rosaceae) and their transferability within the genus Geum. Mol Ecol Notes 4: 209-212
11. Chauvet S, M. van der Velde, E. Imbert, M. L. Guillemin, M. Mayol, M. Riba, M. J. M. Smulders, B. Vosman, L. Ericson, R. Bijlsma and B. E. Giles (2004) Past and current gene flow in the selfing, wind-dispersed species Mycelis muralis in western Europe. Mol Ecol. 13: 1391-1407 doi: 10.1111/j.1365-294X.2004.02166.x
12. Esselink GD, H Nybom, B Vosman (2004) Assignment of allelic configuration in polyploids using the MAC-PR (microsatellite DNA allele counting—peak ratios) method. Theoretical and Applied Genetics 109: 402-408. doi10.1007/s00122-004-1645-5
13. Linden CG van der, D.C.A.E. Wouters, Virag  Mihalka, Elena .Z. Kochieva, M. J. M. Smulders and B. Vosman (2004) Efficient targeting of plant disease resistance loci using NBS profiling. Theoretical and Applied Genetics 109: 384-393. doi 10.1007/s00122-004-1642-8
14. van de Wiel C, Arens P, Vosman B. (1999) Microsatellite retrieval in lettuce (Lactuca sativa L.). Genome 42:139-149
15. Jones CJ, Edwards KJ, Castaglione S, Winfield MO, Sala F, van de Wiel C, Bredemeijer G, Vosman B, Matthes M, Daly A, Brettschneider R, Bettini P, Buiatti M, Maestri E, Malcevschi A, Marmiroli N, Aert R, Volckaert G, Rueda J, Linacero R, Vazquez A, Karp A (1997) Reproducibility testing of RAPD, AFLP and SSR markers in plants by a network of European laboratories. Mol. Breeding 3: 381-390
16. Mix C, PFP Arens, NJ Ouborg, MJM Smulders (2004) Isolation and characterization of highly polymorphic microsatellite markers in Hypochaeris radicata (Asteraceae). Molecular Ecology Notes 4: 656–658 doi: 10.1111/j.1471-8286.2004.00773.x