Rapport 2003-19
Auteurs: Anton S.M. Sonnenberg, Patrick M. Hendrickx en J.J.P. Baars
Samenvatting:
Een belangrijke taak van veel onderzoeksinstituten is het opbouwen en bewaren van genetische bronnen. In Wageningen en andere Universiteiten bestaan bijvoorbeeld grote collecties van planten. Deze worden vaak opgeslagen in de vorm van zaden. Deze collecties worden zéér gekoesterd omdat dit de belangrijke genetische bronnen zijn voor allerlei onderzoek. De belangrijkste genetische bronnen voor paddestoelvormende schimmels bevindt zich bij het voormalig team Paddestoelen van PPO, dat nu onderdeel is van Plant Research International.
Dit verslag geeft een overzicht van de activiteiten van het afgelopen jaar die in project 620059 “Collectievorming en Instandhouding” zijn uitgevoerd. Naast de basishandelingen die nodig zijn om een collectie in stand te houden zijn dit de volgende activiteiten geweest:
Uitbreiding collectie
Ook in 2003 is de collectie uitgebreid met nieuwe stammen waarvan “andere paddestoelen” en pathogenen weer de belangrijksten vormen. Bij het verslag is een appendix gevoegd dat een overzicht geeft.
Instandhouding
Dit jaar is een apparaat aangeschaft waarmee stammen onder gecontroleerde omstandigheden kunnen worden ingevroren in vloeibare stikstof (-196oC). Optimalisatie van dit proces is van cruciaal belang voor het overleven van de stam en het behoud van alle eigenschappen. Hierbij is tevens getest op welk medium een stam moet worden voorgekweekt en op welk medium een stam moet worden gezet na verblijf in vloeibare stikstof. Belangrijkste conclusie luidt dat de gebruikelijke tarwe-extract-agar inderdaad geen goed medium is om stammen in te vriezen (zoals dat in het vorig verslag is gemeld). Daarna blijkt dat vooral het medium waarop de stam weer moet aangroeien van belang is. Opmerkelijk is dat dit medium niet voor elke soort hetzelfde is.
Er zijn het afgelopen jaar weer moedercultures geleverd. Ook zijn nieuwe stammen opgenomen in de moederculture-collectie (een bruine hybride en de eerste prototypen van sporenloze oesterzwammen).
Identificatie
In het verslag over 2002 is gemeld dat repeterende genetische elementen (transposons) die in het erfelijk materiaal van alle levende organismen voorkomen gebruikt kunnen worden om soorten te identificeren. Dat is voor een aantal soorten uitgetest. Het bleek echter veel werk te kosten om dit voor alle soorten te doen. Daarom is gekozen voor een andere aanpak die sneller is, iets minder onderscheidend, maar wel zeer bruikbaar. Voor specifieke toepassingen zijn transposons overigens goed te gebruiken (bijvoorbeeld om stamverschillen in oesterzwamrassen aan te tonen).
Er is een snellere methode ontwikkeld om stammen binnen een soort te identificeren. De test is bruikbaar voor stammen binnen alle soorten. In 2003 is begonnen om de hele collecties met de twee genoemde methoden te testen. We hopen dit grotendeels in 2004 te kunnen afronden. Deze grote klus (de collectie bevat enkele duizenden stammen) noodzakelijk te zijn omdat nogal wat naamgevingen niet correct blijken te zijn.
Champignonrassen
De genoemde test voor stamherkenning is bruikbaar om onderscheid te maken tussen bruine en witte champignonrassen. Onderscheid tussen de witte rassen zelf is hiermee niet mogelijk. We hebben inmiddels en aantal nieuwe methoden getest om onderscheid te maken tussen de zéér nauw aan elkaar verwante champignonrassen. Één methode kon vrijwel alle rassen onderscheiden. Deze methode is echter gepatenteerd en dus duur om te gebruiken. Aan de hand van de informatie die we uit de test hebben verkregen kunnen we een minder dure en niet gepatenteerde test maken.
Doel van dit project is het beschikbaar houden van een gevarieerde en goed geïdentificeerde stammencollectie.
Voorstel is om in 2004 naast de basisactiviteiten die nodig zijn om de collectie in stand te houden
- De collectie verder uit te breiden met wilde stammen van de champignon en andere paddestoelen
- De ontwikkelde identificatiemethoden op alle stammen in de collectie toe te passen en daarmee alle stammen op correcte benaming in de collectie te brengen.
- De invriesmethode verder uit te werken om te komen tot een standaard methodiek voor alle soorten.
- Het CCBAS, de collectie basidiomyceten van het Instituut voor Microbiologie, Praag, Tsjechië, zal een aantal “problematische” soorten uit onze collectie met hun methode in de vloeibare stikstof brengen. Als dit lukt zal PPO de methode ook kunnen gebruiken.
Financier: Productschap Tuinbouw.
>> Vraag het volledige rapport aan bij Productschap Tuinbouw: www.tuinbouw.nl